国家棉花改良中心是1998年8月经农业部农计函[1998]148号文件批准立项建设，2001年建成。中心主要宗旨和职责任务是：根据我国棉花生产的需要，主要开展棉花种质和亲本材料的推荐利用；棉花育种理论和方法的应用；棉花改良方面的各种专业人才的培训；针对黄淮海和西北内陆两大棉区进行新品种选育；组织国际合作项目、国际间的学术会议、人才交流、材料交换。中心的运行管理，实现理事会领导下的主任负责制。中心运行管理实行“开放、流动、联合、竞争”的管理创新机制和模式，面向社会开展棉花品种改良国内外技术合作与社会化服务。
中心现有固定人员55人，其中研究员9人，副研以上人员21人，具有博士、硕士学位28人，国家级专家1名、省部级专家10名；研究生导师30名，其中博士生导师7名。中心理事会主任由中国农科院棉花所喻树迅所长兼任，中心主任由中国农科院棉花所王坤波副所长兼任。
中心各实验室拥有配套齐全的科研仪器设备，设备总值2614万元。其中10万元以上的仪器设备58台套。中心仅在2002-2007年新购进仪器设备453台套，价值1758万元，其中万元以上152台套。
中心主要研究方向为：棉花种质资源评价与利用、棉花种子、纤维品质评价方法、棉花功能基因组研究、转基因棉花安全性监测与评价、棉花分子育种方法研究、育种亲本创新、高产优质多抗新品种的培育。
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