本发明涉及植物病理学和微生物基因工程领域，提供了一个来源于棉花黄萎病菌的、在致病性、黑色素积累、微菌核产生和纤维素酶活性中起重要作用的新基因VdPR3的核苷酸序列及其编码蛋白质的氨基酸序列。具体而言，本发明公开了一种棉花黄萎病菌致病相关基因VdPR3。该基因的核苷酸序列如SEQ ID NO:1或SEQ ID N0:2所示，该基因编码的蛋白序列如SEQ ID N0:3所示。本发明的棉花黄萎病菌的致病相关基因可VdPR3以用于降低棉花黄萎病菌的致病性。