本发明涉及植物病理学，具体地涉及棉花的内生真菌CEF-193及其应用。本发明从棉花的内生真菌入手，通过分离、筛选、鉴定、温室的生物测定，获得对棉花黄萎病具有显著诱导免疫作用的菌株CEF-193 (Acremonium alternatum)，保藏编号为CGMCC No．8302，CEF-193能够在人工培养基上培养，容易获得和培养，以利于工厂化生产和推广应用。室内抑菌试验表明，对黄萎病控制效果好，先接种CEF-193，4天后接种大丽轮枝菌，对棉花黄萎病的防治效果达到74.1%，对黄萎病有显著的控制作用，与生产上应用较多的枯草芽孢杆菌相比，防治效果提高40%左右，对人畜、昆虫和作物安全，环境友好。